O baixo Mondego, troço final da planície aluvial entre Coimbra e Figueira da Foz, sofreu alterações significativas por força de trabalhos de hidráulica agrícola, nomeadamente drenagens, que alteraram as suas características originais. No final do século XVIII, o percurso entre Coimbra e Maiorca era um verdadeiro caos e as mais emaranhadas divagações ficavam entre Pereira e Montemor numa confusão a que Estevão Cabral chamou com propriedade "a embrulhada da volta de Montemor".
O Paul de Arzila situa-se na margem esquerda do Mondego recebendo águas de pequenas bacias adjacentes e "olheiros". Esta zona húmida, outrora parcialmente agricultada com arroz, está em parte envolvida por áreas florestadas( pinheiro Pinus pinaster e eucalipto Eucalyptus globulus).
No paul estão inventariadas mais de uma centena de espécies de aves entre sedentárias e visitantes: diversas garças- a garça vermelha Ardea purpurea é símbolo da Reserva Natural- galinha-de-água.
Presença de mamíferos como a lontra Lutra lutra, peixes como a boga e vários anfíbios e répteis.
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